El objetivo del estudio fue estimar la incidencia de la segregación por nivelsocioeconómico escolar en el rendimiento de los alumnos. Se realizó una explotación de los datos de la Evaluación Censal de Estudiantes(ECE del Ministerio de Educación de Perú, a través de Modelos Multinivel con tres niveles de análisis (región, escuela y estudiante). Para estimar la magnitud delasegregación encada escuela se utilizó el índice de Raíz Cuadrada de Hutchens. La muestra estuvo conformada por los 502.521 estudiantes de 2º de Secundaria de 12.862 escuelas del país. Los resultados evidencian que la segregación escolar incide de forma clara, directa y medible al rendimiento en las tres áreas analizadas, e incluso contribuye a explicar en mayor medida que el nivel socioeconómico promedio de la escuela. Asimismo, la concentración de estudiantes con familias de menor nivel socioeconómico en la escuela hace que el rendimiento sea menor en las tres áreas; mientras que la concentración de estudiantes con familias de mayor nivel socioeconómico hace que el rendimiento mejore, también en las tres áreas. Este estudio aporta sólidas evidencias de cómo la segregación socioeconómica escolar afecta la eficiencia del sistema educativo, así como laigualdad de oportunidades educativas para todos.